La prima notizia è nella visita pastorale del 1624, che parla di un organo nuovo o fatto da poco, come precisa la visita del 1636 («organum ecclesiae recenter factum»). Un’altra visita di trent’anni dopo nota che l’organo era grande e di molto costo. Più preciso l’inventario del 2 aprile 1671, dove si annota:
«A piè della chiesa, sopra la porta, si vede un bellissimo organo indorato di piombo con otto registri, con ornamento di balaustri, figure et intagli».
La stessa informazione (organis etiam ad modulationes super ecclesiae valvas positis insignitur) troviamo ripetuta nella visita di quello stesso anno.
Circa ottant’anni dopo, un organo delle stesse fondamentali caratteristiche del precedente fu fatto fare dal parroco don Francesco Matteozzi, a sue spese, come attesta egli stesso nella relazione del 1° settembre 1778:
«in detta chiesa vi è l’organo a otto registri da me fatto fare nel 1754 del denaro mio proprio e mi costò scudi cento cinquanta fra tutto».
Erano gli anni in cui a Rieti dominavano i Fedri-Fedeli e molto probabilmente di uno di loro doveva essere l’organo di S. Giovenale. Nient’altro che la semplice notizia della sua esistenza troviamo nelle visite del 1826 e 1851. Nel 1917 l’organo era ancora in buono stato. Oggi non se ne ha più traccia.