La sua storia è ben nota grazie alle attente ricerche di Angelo Sacchetti Sassetti fino al 1926 e al maestro Tiberti fino al 1975. Qui se ne dà una breve sintesi.
La prima notizia su un organo nella cattedrale di Rieti risale al 1365, quando fu riattato da fra Domenico di Spoleto. Pochi anni dopo (1382) il Capitolo ordinò un nuovo organo a un tal magistro Andrea, che fu riparato nel 1395 con la spesa di 8 scudi e di nuovo restaurato e forse in parte rinnovato nel 1470 da magister Leonardus teotonicus, frate agostiniano venuto da Spoleto. Ma, resosi inservibile, nel 1490 ne fu ordinato uno nuovo a maestro Tommaso di Giovanni di Montepulciano, rinomato organaro e organista. Gli fece la cassa maestro Giacomo da Montereale, valente ebanista, e lo dipinse Alessandro da Sermoneta.
Nel 1496 l’organo di maestro Tommaso fu accordato e riattato nei registri e nei pedali da magistro Bartholomeo e dipinto dal noto artista romano Marcantonio di Antonazzo Aquili. Altro intervento si ha nel 1512-13 ad opera di «mastro Pietro organista» e compagni.
Nel 1536 fu rimaneggiato da maestro Marcantonio di maestro Biagio di Palma e dal socio maestro Giovanni Antonio di Giovanni di Pozzuoli, che aggiustarono le canne e accordarono lo strumento. Diciotto canne nuove furono aggiunte nel 1547 da maestro Lorenzo di Atri (Te). Altro restauro nel 1562 eseguito da un tal maestro Agostino, venuto da Fara Sabina.
Sul finire del secolo (1596) fu ammodernato in modo significativo dagli organari Alessandro Romano e Lucio, padre e figlio, di Cortona, e collocato in una nuova cassa, opera dell’ebanista reatino Paolo Matteucci. Restauri di poco conto eseguono nel 1615 maestro Girolamo Rossi e nel 1636 il suddetto Rossi e maestro Clemente Maggi di Calvi.
L’organo di maestro Tommaso, tante volte restaurato e trasformato, fu smantellato del tutto nel 1752. Al suo posto arrivò il nuovo organo costruito dal famoso Adriano Fedri, originario di Camerino ma nato ad Atri. Della sua manutenzione il Capitolo incaricò prima Damaso Fedri/Fedeli (1792), figlio di Adriano e lui pure costruttore d’organi, il quale nel 1809, per comodo dei canonici e su loro ordine, aggiunse allo strumento una seconda tastiera; poi Francesco Tessicini (1841).
Lo strumento di Adriano Fedri restò in servizio fino al 1926, quando fu venduto per lire 3.000 alla chiesa di Morro e sostituito con un altro costruito dalla ditta fratelli Aletti di Monza. Nel 1975 fu installato l’organo tuttora in uso fornito dalla ditta Giuseppe Zanin di Camino al Tagliamento (Udine). Al nuovo strumento è stato collegato felicemente l’organo settecentesco della cappella del Sacramento di Damaso Fedri, che però può essere suonato anche da solo.